장학단체 취득세 면제 요건 판단 기준: 주된 목적 사업의 실질적 활동 내역 및 예산 집행 상황 종합 고려

결과 요약

• 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각함.
• 소송비용은 원고가 부담함.

사실관계

• 원고는 2013. 10. 16. 어업인 자녀 장학관 용도로 이 사건 부동산을 매수하고 2013. 11. 20. 소유권이전등기를 마침.
• 원고는 이 사건 부동산 취득가액에 대한 취득세 등 437,319,960원을 신고·납부함.
• 원고는 2014. 1. 6. 구 지방세특례제한법 제45조 제1항, 구 지방세특례제한법 시행령 제22조에 규정된 '장학단체'에 해당하여 취득세 등이 면제되므로 이미 납부한 취득세 등을 환급해달라는 경정청구를 함.
• 피고는 2014. 1. 7. 원고가 이 사건 조항에 정한 장학단체에 해당하지 않는다는 이유로 경정청구를 거부함(이 사건 처분).
• 원고는 이에 불복하여 2014. 2. 12. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 6. 30. 이를 기각함.
• 원고는 2009. 8. 26. 민법 제32조, 공익법인법 제4조 및 같은 법 시행령 제5조에 의하여 농림수산식품부장관으로부터 허가를 받아 2009. 9. 10. 설립된 재단법인임.
• 원고의 설립허가증 및 정관에는 장학사업 외에도 어촌문화사업, 어업인 교육·지원사업, 어업인의 복지증진을 위한 사업 등 다양한 목적사업이 기재되어 있음.
• 원고의 2010년부터 2014년까지의 연도별·사업별 예산편성 및 집행실적을 보면, 장학사업(수협장학관운영 및 푸른어촌희망가꿈 장학금 지원)은 자체사업 중 일부를 구성하며, 특별적립금 지원사업도 다수 진행함.
• 2013년 말까지 누적된 자체 사업 예산 편성 및 집행내역을 보면, 장학사업 예산은 총 예산편성금액의 약 23%, 총 예산집행금액의 약 47.6%에 불과함.
• 특별적립금 지원사업 예산을 포함할 경우, 2013년 장학사업 예산은 총 예산편성금액의 약 19.4%, 총 예산집행금액의 약 25.9%에 불과하며, 어업인 의료지원 사업의 예산 집행액이 장학사업보다 많음.
• 원고는 이 사건 부동산 취득 시점까지 장학사업 분야에 대하여 특별적립금 지원 신청을 하지 않은 것으로 보임.

핵심 쟁점, 법리 및 법원의 판단

장학단체 해당 여부 및 취득세 면제 요건

• 조세법률주의 원칙상 조세감면요건은 엄격하게 해석하며, 특히 특혜규정은 조세공평의 원칙에 부합하도록 엄격하게 해석함.
• 구 지방세특례제한법 제45조 제1항 및 구 지방세특례제한법 시행령 제22조에 따르면, 취득세 등의 면제 대상은 대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 한정됨.
• 구 지방세특례제한법 시행령 제22조 제1호 소정의 장학단체는 학업을 장려하기 위한 일련의 후원을 주된 목적으로 하는 단체를 의미하며, 장학사업이 부대사업의 하나에 불과한 경우에는 장학단체로 볼 수 없음.
• 어느 단체가 '장학단체'에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하를 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동 내역, 예산집행 상황 등을 종합적으로 고려하여 판단해야 함.
• 취득세 감면 여부를 판단함에 있어 부동산 취득 이후의 사정까지 고려할 경우 판단이 납세의무자의 주관적인 사업계획 등에 좌우되는 문제가 발생하므로, 원고가 이 사건 조항에 정한 장학단체에 해당하는지 여부는 원고의 설립 당시부터 취득세 등의 납세의무가 성립한 이 사건 부동산 취득 시점(2013. 11. 20.)까지의 주된 수행업무 등을 기준으로 판단해야 함.
• 원고가 공익법인법에 따라 설립된 재단법인이라 하더라도, 장학사업 외에 다양한 목적사업을 수행하고 있으므로, 단지 장학사업이 목적사업 중 하나라는 이유만으로 장학단체에 해당한다고 볼 수 없음.
• 원고의 자체 사업만을 기준으로 2013년 말까지 누적된 예산 편성 및 집행내역을 보면, 장학사업 예산은 총 예산편성금액의 약 23%, 총 예산집행금액의 약 47.6%에 불과하여 과반수에 이르지 못함.
• 특별적립금 지원사업 예산을 포함하여 2013년 예산 집행실적을 고려하면, 장학사업 예산은 총 예산편성금액의 약 19.4%, 총 예산집행금액의 약 25.9%에 불과하며, 어업인 의료지원 사업의 예산 집행액이 장학사업보다 많음.
• 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 전까지 장학사업 관련 자산을 보유한 바 없다가 위 부동산을 취득함으로써 2013년 말 장학사업 관련 자산이 총 자산의 62.7%에 이르게 되었다는 사정은 이 사건 부동산 취득 당시 장학단체인지 여부를 판단함에 있어 고려할 사정이 아님.
• 따라서 원고가 장학사업을 주된 목적으로 하는 장학단체에 해당한다고 인정하기 부족하며, 원고의 주장은 이유 없음.

관련 판례 및 법령

• 대법원 2002. 4. 12. 선고 2001두731 판결: 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 법문대로 해석하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다.
• 대법원 2008. 6. 12. 선고 2008두1115 판결: 어느 단체가 ‘장학단체’에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하를 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동 내역, 예산집행 상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.
• 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항: 대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2015. 12. 31.까지 면제한다.
• 구 지방세특례제한법 시행령(2014. 11. 19. 대통령령 제25751호로 개정되기 전의 것) 제22조: “‘대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다”고 하면서 “정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 장학단체(1호)”, “안전행정부장관이 미래창조과학부장관 또는 교육부장관과 협의하여 고시하는 단체(2호)”를 규정함.
• 공익법인의 설립·운영에 관한 법률 제2조: 재단법인이나 사단법인으로서 사회 일반의 이익에 이바지하기 위하여 학자금·장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술, 자선에 관한 사업을 목적으로 하는 법인을 ‘공익법인’으로 규정함.

검토

• 본 판결은 조세감면요건의 엄격해석 원칙을 재확인하며, 특히 장학단체 여부를 판단함에 있어 단체의 명칭이나 정관상의 목적사업 기재만으로는 부족하고, 실질적인 활동 내역과 예산 집행 상황을 종합적으로 고려해야 함을 명확히 함.
• 장학사업이 단체의 주된 목적 사업이 아니라 부대사업에 불과한 경우에는 취득세 면제 대상인 장학단체로 볼 수 없다는 점을 강조하여, 실질과세의 원칙을 적용한 것으로 보임.
• 또한, 취득세 감면 여부 판단 시점은 납세의무 성립 시점까지의 주된 수행업무를 기준으로 해야 하며, 이후의 사정은 고려하지 않는다는 점을 명확히 하여 과세의 예측 가능성을 높임.
• 본 판결은 유사한 조세감면 혜택을 주장하는 다른 공익법인들에게도 실질적인 사업 내용과 예산 집행의 중요성을 시사하며, 단순히 정관상의 목적사업 나열만으로는 감면 혜택을 받기 어렵다는 점을 경고함.